浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室于2012年9月浙江省科技厅立项建设，浙江万里学院为承担单位，宁波市海洋与渔业研究院为合作单位，2015年7月顺利通过浙江省科技厅验收。现有科研仪器设备资产总值3800万元，实验室面积4067m2。实验室主要研究方向：（1）水产养殖优良种质保存与保护；（2）水产养殖种质创新及良种培育；（3）水产养殖环境生物修复和病害控制。
现有研究人员45名，80 %以上具有高级职称或博士学位。拥有国务院政府特殊津贴专家2名，浙江省万人计划人才1人，浙江省突出贡献中青年专家1名，浙江省新世纪“151人才工程”5人，浙江省高校中青年学科带头人7人。
2012-2018年度，共承担了各类科研项目100余项，科研经费达5500余万元。其中国家级项目27项（包含国家自然科学基金项目15项），省部级项目48项。培育出“万里红”、“万里2号”文蛤新品种，获得国家水产原良种审定委员会审定；“宁波岱衢族大黄鱼农产品”获得国家农业部“地理标志登记证书”。作为第一完成单位获得省部级以上科技奖4项。主编出版专著2本；在国内外重要学术刊物发表论文100余篇，其中SCI收录论文56篇；申请专利42项，授权25项，制定省市地方标准7项。