本发明公开了一种保持病毒活性的高通量切向流分离海洋藻类病毒的方法，其特征在于包括下述步骤：1)在4～8℃的低温和暗室条件下进行一级过滤，去除直径大于0.2μm的非病毒性颗粒或细菌；然后经切向流系统进行浓缩处理，可获得粗浓缩病毒液；2)在无菌、4～8℃和暗室条件下进行二级过滤，进一步去除直径大于0.22μm的非病毒性颗粒和一级过滤操作中可能污染的杂菌，得到纯度较高的浓缩病毒液；3)特异性海洋藻病毒的分离。本发明可以高通量的处理大批量的海水样品，并且保持病毒活性，对特异性的海洋浮游藻类病毒的分离而言具有操作简单、方便、快捷等特点。
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