宁波市微生物与环境工程实验室是2005年由宁波市科技局立项的市级重点实验室。定位于公益性服务功能为主兼顾科研教学，是宁波市重点学科——环境科学的重要支撑平台。2014年被宁波市科技局评估为优秀市级重点实验室。经10年的建设与发展，目前实验室建筑面积1000平方米；万元以上仪器设备 103件，总值 1730万元。下设电镜实验室、海洋微生物生态过程实验室、水环境化学与污染控制实验室、水产动物病原与免疫实验室。实验室现有研究人员15名。主要从事现代环境微生物技术、水土环境污染控制、港湾海洋生态损害研究、水产动物病害防控等方向的应用基础研究。近5年来，实验室承担国家、省部级及市、厅级以上项目20余项，总经费800余万元。